Die Kiliansgruft befindet sich unter dem Haupteinang in die Neumünster-Kirche.
Das Zentrum bildet ein alter, romanischer Altar, der sich über dem Grab der Frankenapostel erhebt. Die Gebeine ruhten anfangs in einem Steinsarg, dann wurden sie in einem hölzernen Schrein in einen Silbersarg gelegt. In den Kriegswirren des Jahres 1795 kam der Silbersarg zur Einschmelzung in die Münze, der Schrein mit den Reliquien verschwand spurlos, bis er am 9. August 1849 bei Reparaturarbeiten im Dom gefunden wurde: Er enthielt die drei Kopfskelette und einige andere Reliquien der Apostel. Diese wurden 1853 an das Neumünster übergeben und in einen neuen, silbernen Behälter, der auf dem alten Altar aufgestellt wurde, gelegt. Weiterhin stehen auf dem Altar die drei Brustbilder der Apostel, gefertigt von Tilmann Riemenschneider.
Neben dem Altar befindet sich der Kiliansbrunnen (Ältester genannter öffentlicher Brunnen Würzburgs - ihm wird eine heilende Wirkung bei Magenübel aller Art zugesagt)
Die jetzige Fassung des Kiliansbrunnen stammt aus den Jahren 1711-1714.
Auch der Steinsarg des 794 verstorbenen Bischofs Megingoz ist in der Gruft zu finden.